医療費控除と、入院給付金などの保険金 ― 差し引く金額と、確定申告の準備（2026年版・足利市・太田市・佐野市）

入院や手術をして医療費がかさんだ年は、確定申告で「医療費控除」を受けられる場合があります。そのとき、気になるのが、「医療保険などから給付金を受け取っているけれど、医療費控除の計算には、どう入れればよいのだろう」という点ではないでしょうか。

国税庁の案内では、医療費から、「保険金などで補てんされる金額」を差し引いて計算します。このコラムでは、国税庁の資料をもとに、差し引く給付の範囲と、確定申告の準備を整理します。個別の税額を示すものではなく、特定の保険をすすめるものでもありません。

医療費控除の基本 ― 計算式と上限

医療費控除は、1年間（1月1日から12月31日）に、ご自身や、生計を一にする配偶者・親族のために支払った医療費が、一定額を超えたときに、超えた分を所得から差し引ける制度です。国税庁の案内では、次の式で計算します。

ここで注意したいのは、医療費控除は「所得控除」だという点です。控除された金額が、そのまま戻ってくるわけではなく、所得から差し引かれた結果、減る税金（所得税・住民税）が、それぞれの税率で決まります。会社員の方も、医療費控除は、年末調整ではなく、確定申告で手続きします。

「保険金などで補てんされる金額」とは ― 差し引く給付

国税庁は、「保険金などで補てんされる金額」の例として、次のようなものを挙げています。

• 生命保険契約などで支給される入院費給付金
• 医療保険金、傷害費用保険金（医療費の補てんを目的とするもの）
• 健康保険などで支給される高額療養費、家族療養費、出産育児一時金など

これらの給付を受け取った場合は、支払った医療費から差し引きます。ポイントは、次の3つです。

• 差し引くのは、その給付の目的になった医療費が限度です。たとえば、入院費の補てんを目的とした給付は、その入院にかかった医療費から差し引きます。
• 給付が、その医療費を上回っても、余った分を、ほかの医療費から差し引く必要はありません。
• 申告の時点で、受け取る金額が確定していないときは、見込みの金額で差し引きます。あとで金額が違った場合は、受け取った額が見込みより多ければ「修正申告」、少なければ「更正の請求」で、訂正します。

なお、医療費を支払った人と、給付を受け取った人が違っても、医療費の補てんを目的とする給付なら、差し引く対象になります。

計算の例 ― 補てん額が、医療費より大きい場合と小さい場合

数字は、いずれも説明のための架空の例です。例1と例2は、総所得金額等が200万円以上の場合、例3は、200万円未満の場合で計算しています。

※控除額は「所得から差し引く金額」です。戻る税金の額は、ご自身の所得や税率で変わります。個別の税額は、税務署や税理士にご確認ください。

差し引くかどうか、確認が必要な給付

保険から受け取る給付には、いろいろな種類があります。国税庁の資料での扱いを、次のように整理しました。

国税庁の通達は、「医療費の補てんを目的として」支払われる給付を、差し引く対象としています。そのため、表の最後の2行（診断・手術・通院などを理由に支払われる給付、働けない期間について支払われる給付）は、給付の趣旨や支払いの理由によって、扱いが分かれる可能性があり、ここで「差し引く」「差し引かない」と決めることができません。ご自身が受け取った給付については、加入先の保険会社に、給付の目的や支払いの理由を、税務署や税理士に、控除の扱いを、ご確認ください。

確定申告の準備 ― 明細書、領収書、医療費通知

• 医療費控除の明細書：領収書をもとに作成し、確定申告書に添付します。
• 領収書の保管：領収書は、申告書に添付する必要はありませんが、申告期限等から5年間、自宅などで保管します。医療保険者（健康保険組合など）の医療費通知を添付した分は、領収書の保存は不要です。
• e-Tax とマイナポータル連携：マイナンバーカード方式のe-Taxで、マイナポータル連携を使うと、医療費通知情報を取り込んで、入力を簡略化できます。通知情報に、保険金などで補てんされる金額があるときは、作成コーナーの画面で、補てん金額を追加で入力します。保険診療分が中心で、取得できないものもあります。また、マイナポータルの画面やPDFを印刷したものは、原本ではないため、その場合は、領収書を5年間保管する必要があります。
• 申告の期間：確定申告の期間は、原則として、翌年の2月16日から3月15日です。医療費控除のように、税金が戻る「還付申告」は、翌年1月1日から5年間、提出できます。

セルフメディケーション税制 ― 令和8年度の税制改正で見直し

医療費控除には、特例として、「セルフメディケーション税制」があります。健康の維持・病気の予防のための取り組み（特定健診や予防接種など）を行った方が、特定の市販薬（スイッチOTC医薬品など）を購入した場合に、その年の購入費の合計のうち、12,000円を超える部分（上限88,000円）を、所得から差し引けます。通常の医療費控除との選択適用で、どちらか一方しか使えません。

令和8年度の税制改正で、この制度は見直されました。

• スイッチOTC医薬品の購入に係る部分は、適用期限が撤廃されました。
• それ以外の医薬品に係る部分は、適用期限が5年延長されました（令和13年12月31日まで）。
• 対象となる医薬品の見直しは、令和9年分（令和9年1月1日以後の購入）からです。令和8年分の申告（2027年に提出）は、現行の扱いです。

国税庁のタックスアンサー（基準日は令和8年4月1日現在）には、この改正が、まだ反映されていません。最新の情報は、財務省や厚生労働省のページで、ご確認ください。

関連するコラムも、あわせてご覧ください。

• 高額療養費制度の2026年8月の変更点（がんの医療費を例に）
• 生命保険料控除の新制度と旧制度の違い（2026年分）
• 2026年（令和8年分）の年末調整の変更点

ご相談いただくときのポイント

「領収書や、給付金の支払通知書が、整理できていない」という方は、医療費の領収書と、受け取った給付の支払通知書を、お持ちください。いつ、どの医療費を支払い、いつ、いくらの給付を受け取ったのかを、時系列で整理するお手伝いをします。給付の扱いや、請求できるかどうかは、加入先の保険会社に、控除の個別の判断や、申告書の作成は、税務署や税理士に、ご確認ください。

よくあるご質問

入院給付金を受け取りました。医療費控除の計算で、差し引きますか？

医療費の補てんを目的とする入院費給付金などは、国税庁の案内で、支払った医療費から差し引くとされています。差し引くのは、その給付の目的になった入院の医療費が限度です。

給付金が、入院費より多かった場合は、どうなりますか？

入院費を上回った分を、ほかの医療費から差し引く必要はありません。国税庁の質疑応答事例で、補てんの対象となる医療費ごとに、差し引き計算を行うとされています。

診断されたときに支払われる一時金は、差し引きますか？

確認した範囲では、国税庁の資料に、診断を理由に支払われる一時金について、名指しした記載が見つかりません。給付の趣旨や支払いの理由によって、扱いが分かれる可能性がありますので、加入先の保険会社に給付の目的や支払いの理由を、税務署や税理士に控除の扱いを、ご確認ください。

給付金の金額が、申告の時点で確定していません。

見込みの金額で差し引きます。あとで確定した金額が違った場合は、受け取った額が見込みより多ければ修正申告、少なければ更正の請求で、訂正します。

医療費控除とセルフメディケーション税制は、両方使えますか？

どちらか一方の選択になり、両方を併用することはできません。申告をしたあとで、選択を変更することもできません。

まとめ

医療費控除では、入院費給付金や高額療養費など、医療費の補てんを目的とする給付を、支払った医療費から差し引きます。差し引くのは、その給付の目的になった医療費が限度です。診断を理由に支払われる一時金など、扱いが分かれる給付は、加入先の保険会社や税務署にご確認ください。確定申告の前に、領収書と、保険会社からの支払通知書を、そろえておきましょう（本コラムの情報は、2026年11月時点です）。

参考にした情報

• 国税庁 タックスアンサー No.1120「医療費を支払ったとき（医療費控除）」（令和8年4月1日現在法令等・2026年11月10日に確認）
• 国税庁 タックスアンサー No.1126「医療費控除の対象となる入院費用の具体例」（2026年11月10日に確認）
• 国税庁 タックスアンサー No.1119「医療費控除に関する手続について」（2026年11月10日に確認）
• 国税庁 タックスアンサー No.2020「確定申告」（2026年11月10日に確認）
• 国税庁 タックスアンサー No.2030「還付申告」（2026年11月10日に確認）
• 国税庁 タックスアンサー No.1129「特定一般用医薬品等購入費を支払ったとき（医療費控除の特例）【セルフメディケーション税制】」（2026年11月10日に確認）
• 国税庁 タックスアンサー No.1132「セルフメディケーション税制の対象となる特定一般用医薬品等購入費」（2026年11月10日に確認）
• 国税庁 所得税基本通達（法第73条《医療費控除》関係・73-8〜73-10）（2026年11月10日に確認）
• 国税庁 確定申告書等作成コーナー FAQ「保険金などで補てんされる金額とは」（2026年11月10日に確認）
• 国税庁 質疑応答事例「支払った医療費を超える補填金」（2026年11月10日に確認）
• 国税庁 質疑応答事例「医療費の支払者と保険金等の受領者が異なる場合」（2026年11月10日に確認）
• 国税庁 質疑応答事例「医療費を補填する保険金等が未確定の場合」（2026年11月10日に確認）
• 財務省「令和8年度税制改正の大綱」（令和7年12月26日閣議決定・2026年11月10日に確認）
• 厚生労働省掲載「租税特別措置法（抄）」（令和9年1月1日施行時点・セルフメディケーション税制の期限）（2026年11月10日に確認）